Das Ausbildungsprogramm für die Notfallseelsorge ist klar vorgegeben. Nach einem fünftägigen theoretischen Grundkurs folgt ein siebentägiges Praktikum beim Ambulanz- und Rettungsdienst Murten und Umgebung. Ebenfalls vorgeschrieben sind jährliche Wiederholungskurse und die Teilnahme an Fachtagungen.
Zu den Ausbildungsthemen gehören Psychologie, Polizeiaufgaben (z. B. Spurensicherung), Recht, Stabsarbeit (Organisation der NFSan Unfallstelle), Umgang mit Medien, Medizin und Sanitätsdienst und nicht zuletzt die theologische Reflexion. Sowohl bei der Aus- und Weiterbildung als auch in den praktischen Fällen wird die NFS Seebezirk eng mit der NFS Bern zusammenarbeiten.
